История Енисейского управления Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзора) началась 16 декабря 1947 года, когда Постановлением Совета Министров СССР № 4048 было образовано Управление Красноярского горного округа с тремя горными районами - Норильским, Минусинским, Черногорским. В то время горнодобывающая промышленность в крае была представлена рудниками и угольными шахтами Норильского горно-металлургического комбината, большим количеством угольных шахт и разрезов в Хакасской автономной области и Тувинской Республике, рудниками и приисками, добывающими цветные металлы и золото, многочисленными карьерами по добыче нерудного сырья в Канско-Красноярской группе районов. 

    С 1954 года в состав округа передан надзор за объектами котлонадзора и подъемными сооружениями. Управление округа активно включилось в решение вопросов, связанных с развитием красноярской энергетики, с обеспечением надежности и безопасной эксплуатации тепловых электростанций, отопительных котельных, а впоследствии и объектов газоснабжения.
Эффективность государственного надзора, достигнутого к этому времени, предопределила расширение сферы деятельности Управления округа - в 1961 году ему был передан надзор за предприятиями химической и металлургической промышленности. 

    С приобретением опыта надзорной деятельности, с увеличением объема надзора совершенствовались надзорные структуры Управления округа. Горные районы были преобразованы в районные горнотехнические инспекции (РГТИ), создавались новые инспекции, отраслевые и многоотраслевые, менялась их дислокация. В конце 60-х годов под надзор перешли геологические организации в виду интенсивного развития в крае геолого- и сейсморазведочных работ.

    В 1966 году организована многоотраслевая Тувинская РГТИ (Республика Тыва г. Кызыл). В 1972 году были значительно увеличены сферы деятельности Хакасской РГТИ (Республика Хакасия г. Черногорск).
В 70-х годах определилась тенденция к резкому увеличению объемов добычи угля открытым способом. Началось техническое перевооружение и строительство новых разрезов Канско-Ачинского топливно-энергетического комплекса (КАТЭК), разрезов местной топливной промышленности.

    Учитывая эффективность государственного надзора, Правительство РФ в 1991 году принимает решение о расширении сферы деятельности Госгортехнадзора России, поручив ему надзор за предприятиями по хранению и переработке зерна, перевозке опасных грузов железнодорожным транспортом.

    Позднее передается под надзор переработка минерального сырья, аммиачно-холодильные установки, сталеплавильные производства на машиностроительных заводах.
В 1992 году, учитывая самостоятельность Субъектов Федерации поднадзорного региона, Красноярский округ переименован в Енисейский, а с 1998 года - в Управление Енисейского округа. В 1993 году Хакасская областная горнотехническая инспекция преобразована в Саянскую РГТИ.

    Указом Президента РФ № 234 от 18.02.1993 г. Госгортехнадзор России получил статус Федерального органа исполнительной власти, специально уполномоченного осуществлять государственное нормативное регулирование вопросов промышленной безопасности на территории Российской Федерации, а также специальные разрешительные, надзорные и контрольные функции. Реализация этих функций была возложена на подведомственные ему территориальные органы (управления округов, инспекции), которые вместе с центральным аппаратом составили единую систему Федерального горного и промышленного надзора России.

    Указом Президента Российской Федерации от 09.03.2004 г. № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" Федеральный горный и промышленный надзор России был преобразован в Федеральную службу по технологическому надзору с передачей ему функции энергонадзора упраздняемого Министерства энергетики Российской Федерации.
Указом Президента Российской Федерации от 20.05.2004 г. № 649 "Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти" Федеральная служба по технологическому надзору и Федеральная служба по атомному надзору были преобразованы в Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору, руководство которой осуществляет Правительство Российской Федерации. Федеральная служба по надзору в сфере экологии и природопользования была преобразована в Федеральную службу по надзору в сфере природопользования, с передачей функции в сфере экологического надзора Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору.

    Распоряжением Правительства РФ от 30.07.2004 г. № 1024-р Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору были подчинены управления округов, управления и инспекции Госгортехнадзора России и межрегиональные округа Госатомнадзора России. В целях реализации данного распоряжения и обеспечения преемственности полномочий по надзору и контролю, лицензированию, разрешительной деятельности и других полномочий Управление Енисейского округа Госгортехнадзора России было переименовано в Управление Енисейского округа по технологическому и экологическому надзору Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору.

    Для выполнения возложенных задач с 01.10.2004 г. проводилось укомплектование экологических отделов за счет высвобождаемых специалистов территориальных органов Министерства природных ресурсов России, осуществлявших функции экологического надзора, переданные Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору.

    Приказом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору № 179 от 22.11.2004 г. в целях комплексного подхода при организации деятельности территориальных органов, исключения внутреннего дублирования функций, приближения контроля и надзора, лицензирования и разрешительной деятельности к поднадзорным объектам в регионах, а также повышения эффективности взаимодействия с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации Управление Енисейского округа по технологическому и экологическому надзору было переименовано в Енисейское межрегиональное управление по технологическому и экологическому надзору.

    Из числа работников ликвидированного ФГУ "Управление государственного энергетического надзора по Енисейскому региону", путем проведения конкурса на замещение должностей государственных служащих, был сформирован энергетический надзор Енисейского межрегионального управления по технологическому и экологическому надзору.

    С 1 июля 2009 года во исполнение Приказа Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору № 310 от 22 апреля 2009г. Енисейское межрегиональное территориальное управление технологического и экологического надзора было переименовано в Енисейское управление Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзора) с присоединением УТЭНа Ростехнадзора по Республике Хакасии. 

    В настоящее время структура Управления и дислокация подразделений сформирована с учетом создания условий для обеспечения надзора (контроля) и разрешительной деятельности за поднадзорными объектами в Енисейском регионе. Для организации надзорной и контрольной деятельности применяется комплексный подход при осуществлении проверок состояния промышленной, энергетической и экологической безопасности по всем направлениям деятельности Управления. Проведенные организационно-штатные мероприятия в настоящее время позволили Управлению выйти на плановый режим работы по всем отраслям надзора в сфере промышленной, энергетической и экологической безопасности.